En los retratos de Goya, los aristócratas se pudren tras el encaje y los polvos; en sus aguafuertes, curas y generales comparten la misma mueca que las bestias. Los «Caprichos» de Goya desollaron la hipocresía con una risa quirúrgica. «Los desastres de la guerra» despojó al imperio de su gloria y dejó hueso y silencio. Ya al final de su vida, sordo y desengañado, pintó en las paredes: Saturno devorando a su hijo, brujas en el aire, rostros medio engullidos por la oscuridad. Aquellos murales no eran locura, sino profecía: un arte que veía más lejos que la razón, una verdad arrancada a gritos del pozo de la mente humana.

Su obra tardía, marcada por una oscuridad psicológica cada vez mayor, la experimentación formal y una crítica social sin concesiones tras una misteriosa enfermedad que lo dejó sordo, tiende un puente tan directo entre la pintura académica del siglo XVIII y el arte moderno del siglo XX que Picasso y Dalí se inspiraron abiertamente en sus Caprichos y en sus Pinturas negras.

Publicada en 1799, esta serie de 80 estampas usó el aguafuerte y el aguatinta para satirizar sin piedad a la nobleza, el clero y la superstición españoles bajo la bandera de los ideales ilustrados. Goya la retiró de la venta a los 14 días, por miedo a ser procesado por la Inquisición española, y acabó entregando las planchas al rey a cambio de una pensión para su hijo.

Manuscritos de la época confirman que la Inquisición investigó expresamente estampas como el Capricho n.º 23 por burlarse de la corrupción inquisitorial. Goya se protegió con títulos deliberadamente ambiguos y una secuencia ilógica de estampas, una estrategia calculada de cifrado visual que le permitió criticar al poder sin perder la posibilidad de negarlo todo con verosimilitud.

Una enfermedad sin diagnosticar hacia 1792–93 lo dejó sordo para siempre y lo empujó a la introspección. Los críticos distinguen con claridad entre su obra cortesana anterior a la enfermedad y el período posterior, considerado por muchos el más auténtico y valioso, cuando su arte se volcó en la profundidad psicológica, la sátira y lo fantástico.

Pintado tras presenciar las brutales consecuencias de la invasión de España por Napoleón, se cita a menudo como uno de los primeros cuadros modernos que retratan el horror de la guerra sin glorificación heroica, un lenguaje visual que marcó directamente el arte antibélico posterior, de Manet al Guernica de Picasso.

Los surrealistas citaron expresamente a Goya como precursor de la exploración intencionada del mundo de los sueños y el subconsciente. Una selección de Los Caprichos se expuso en la Exposición Internacional Surrealista de Nueva York de 1936, y el crítico André Malraux consideraba a Goya una figura originaria central del arte moderno en su influyente ensayo «Las voces del silencio».